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日本国を代表する行政機関のひとつであり、その基本的な役割は他の省庁も含めて現実の日本と大きな違いはありません。
このトップに立つ内閣総理大臣葛西芳邦が実質的な日本政府の代表となっています。
あくまで民主主義である以上、彼の一存で政策が決められることはありませんが、《黄昏》に関連した有事の際は、彼の判断のみで国防軍を動かす特別決定権を行使することが出来ます(尤も、平時であっても最高指揮監督権を有していることに変わりはありませんが)。
《黄昏の種》の飛来以後、もっとも役割が大きく変化した省庁です。
旧自衛隊を改編した日本国防衛軍(以下国防軍)を統括している機関であり、国家の防衛を一手に担っています。
また、国防軍に遅れて設立された後述の対黄昏機関とは名目上連携を取り合って活動するということになっていますが、それぞれの長同士の折り合いが良いとはいえず、関係は芳しくありません。